Tras los impactantes acontecimientos en el final de la segunda temporada, Hannibal (Mads Mikkelsen) huye camino de Europa acompañado por su psiquiatra Bedelia Du Maurier (Gillian Anderson), con una renovada identidad, pero manteniendo su insaciable apetito. Mientras, las vidas de Will (Hugh Dancy), Jack (Laurence Fishburne), y Alana (Caroline Dhavernas) convergen de nuevo hacia un mismo objetivo, Hannibal. Cada uno tiene una especial motivación para darle caza de una vez por todas, lo que desatará consecuencias inesperadas para todos.